В 1913 году при игумене Иоанникии на станции Торошино была построена деревянная часовня, затем обращенная в 1921 году в церковь. В 1960-х годах церковь сгорела.
Более четырехсот лет шла своим чередом жизнь Крыпецкого монастыря. Были у него свои периоды расцвета и запустения, но монашеская жизнь не угасала, молитва иноков о спасении мира продолжалась. И вот пришел XX век «цивилизации и просвещения». Постигло испытание всю Русскую землю. Как огнем, очищал Господь душу русского человека. Вера стала гонимой, незаконной, святыня перестала быть неприкосновенной. Храмы и монастыри закрывались и разрушались. Разорение и поругание коснулось и Крыпецкого монастыря. Преподобный Корнилий предсказал иеромонаху Феодосию, последнему казначею монастыря: «Будешь казначеем. Но в твое казначейство обитель будет поругана и закрыта». Так и случилось.
В 1918 году монастырь перестал существовать. До 1923 года еще действовал собор Иоанна Богослова как приходская церковь. 19 декабря 1923 года Псковский губисполком принимает решение о закрытии Крыпецкого монастыря. На месте монастыря некоторое время располагался приют для голодающих детей, а затем совхоз. Монастырь стал быстро разрушаться.
Особенно сильно он пострадал в период Великой Отечественной войны. В войну в монастыре скрывались партизаны.
После войны русские люди потянулись к Богу и стало много богомольцев ходить в Крыпецы. На могиле монаха Корнилия была даже построена церковь и часовня.
Слухи о Крыпецком монастыре дошли до Псковских властей, и решено было взорвать оставшиеся его развалины.
В то время над историей архитектуры Крыпецкого монастыря работала известный архитектор Е.Н. Морозкина. При содействии крупных ученых Москвы и Министерства культуры Крыпецкий монастырь поставили на государственную охрану как памятник республиканского значения.
Были выделены даже средства, на которые Псковская реставрационная мастерская под руководством Б.С. Скобельцына произвела устройство кровли собора и колокольни и частичную их реставрацию.
После реставрации монастырь был забыт. Только неутомимые богомольцы не переставали ходить к мощам преподобного Саввы, могилке блаженного Корнилия, купаясь в целебном источнике преподобного Саввы Крыпецкого.
Наступил великий юбилей Русской Православной Церкви — 1000-летие Крещения Руси. Стали вновь открываться храмы и монастыри. Преподобный Корнилий предвидел не только разорение Крыпецкого монастыря, но и его возрождение: «Монастырь наш станет лаврой». В 1990 году Крыпецкий монастырь передали Псковской епархии.
Восстановительные работы возглавил игумен Дамаскин (Сахнюк) — постриженник Псково-Печерского монастыря. Отец Дамаскин прошел суровую школу монашества и пастырства через многие годы своего служения. Последнее место его служения — село Зобки Пыталовского района. Из запущенного прихода после нескольких лет служения отца Дамаскина устроилась очень приличная, благоукрашенная церковь. Только такой энергичный батюшка мог взяться за восстановление Крыпцев.
Крыпецкий монастырь перед восстановлением представлял собой лишь развалины собора и колокольни: вокруг только метровая трава и болото. Ярославов древний мост стал непроезжим. Ближайшая деревня — в шести километрах от обители. Вот в каком плачевном положении был монастырь перед возрождением. На человеческие силы не было никакой надежды. Единственно вся надежда только на помощь Божию и молитвы преподобного Саввы.
Один Бог знает, сколько терпения, сил, трудов было положено, чтобы сдвинуть с места дело восстановления.
Постепенно про Крыпецкий монастырь узнали и стали помогать многие псковичи и паломники со всех уголков бывшего СССР, а некоторые боголюбивые чада отца Дамаскина привозили свою лепту из дальнего зарубежья.
Псковские дорожники к 1994 году проложили грунтовую дорогу к обители. В праздновании 500-летия со дня преставления преподобного Саввы Крыпецкого приняло участие руководство Псковской области во главе с губернатором В.Н. Тумановым. Были выделены средства, на которые отреставрировали значительную часть собора Иоанна Богослова. В нижнем подклете, в приделе преподобного Саввы, прошло на торжество 500-летия первое богослужение, возглавленное Высокопреосвященнейшим Евсевием, архиепископом Псковским и Великолукским. Это была первая архиерейская литургия после открытия обители. Именно это богослужение стало началом возрождения монашеской жизни монастыря. Появились первые послушники. Регулярно стали проводиться богослужения. Наряду с духовной жизнью монастыря укреплялась и хозяйственная часть. Безвозмездные труды, финансовая подцержка и добровольные пожертвования многих благодетелей, паломников обители способствовали улучшению условий жизни ее насельников. В 1997 году был проведен свет. Появилась возможность использовать станки. Заметно эффективней стало вестись строительство: были построены дома для братии, Владыки, наместника, гостиничные корпуса, скотный двор, мастерские, баня, теплицы. Несмотря на заброшенность и забытость в советское время, монастырю удалось разработать пять гектаров земли под огороды, зерновые посевные. Был разбит большой фруктовый сад, который уже стал плодоносить. Появилась своя пасека с пчелами, необходимая для здоровья ее насельников и для изготовления свеч. Митрополит Евгений (Болховитинов), описывая историю Крыпцев, упоминает об осушительной системе, существовавшей в обители: «Из близлежащего в юго-восточной стороне большого озера с давних времен проведены к монастырю канал в выкопанный под оным пруд. Но поскольку напор воды озерной и вообще приток из окружающих болот производил во всех окрестностях тонкие зыби, мхи и гниющую воду, то с 1818 по 1821 год осушены они многими каналами, проведенными в главный, прокопанный прямо верст на пять к реке Торошинке». В наше время каналы из Большого озера сохранились к реке Торошинке, но сильно заросли и запружены бобровыми плотинами и свою функцию осушения сейчас не выполняют. Под руководством отца Дамаскина частично были восстановлены по периметру монастыря осушительные каналы, расчищены заросли, вырыты два водоема для разведения рыбы, вычищен от зарослей святой источник преподобного Саввы. В 1999 году братия монастыря поселилась в новом благоустроенном братском корпусе, в котором разместились келий для насельников, братская и праздничная трапезная, монастырская библиотека. В этом же году было восстановлено чтение Неусыпаемой Псалтири, за которым ежедневно совершается чтение всей Псалтири и поминовение всех благодетелей, жертвователей обители. Кроме чтения Псалтири, в храме по праздничным, воскресным и субботним дням совершается уставное богослужение. Отправление службы по таким дням бывает накануне в 18 часов и в сам праздник в 9 часов утра. По будним дням утром в 6 часов служится братский молебен с утренними молитвами преподобным Савве и Корнилию — Крыпецким чудотворцам и полунощница, а вечером в 20 часов малое повечерие с канонами и вечерними молитвами.