История почитания апостола и евангелиста Иоанна Богослова в Савво-Крыпецком монастыре восходит к первым годам появления обители. Во второй половине XV века инок Святой горы Афон Савва покинул Балканы и пришел в пределы Псковской земли. Пробыв некоторое время в Снетогорском Рождества Пресвятой Богородицы и Спасо-Елеазаровском монастырях, преподобный Савва с благословения преподобного Евфросина поселился в урочище Крыпцы. Предание гласит о том, что старец Савва принес с собой из Византии образ святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова, возлюбленного ученика Господа нашего Иисуса Христа, и Сербское Евангелие. До наших дней сохранилось Сербское Евангелие и сберегается в Псковском Древлехранилище. Икона апостола Иоанна, написанная на доске, пребывала в Крыпецкой обители до 1923 года. В последующие годы икона вместе с другими святынями монастыря исчезла и находится в неизвестном месте.
Первые годы преподобный Савва жил один, подвизаясь в безмолвии, молитве, богомыслии, чтении Священного писания, ежедневных трудах и снискания себе пропитания. Икона апостола находилась в его келии. Через некоторое к святому старцу стали стекаться братия, пожелавшие подвизаться монашеским подвигом вместе с отцом Саввой. Он милостиво с радостью их принимал. Когда братия окрепла, преподобный с братией на пожертвования псковского князя Ярослава Оболенского и других благочестивых людей построил деревянный двухэтажный храм в честь апостола Иоанна Богослова. В нижнем этаже этого храма был устроен храм святителя Саввы Сербского, небесного покровителя преподобного Саввы. Постройка первого деревянного храма согласно сведениям митрополита Евгения (Болховитинова) относится к 1475 году.
С того времени как в обители построен был храм, главным престольными праздниками в монастыре стали дни памяти апостола Иоанна Богослова – 26 сентября и 8 мая по старому стилю. В этом храме прошла вся духовная, молитвенная жизнь преподобного Саввы Крыпецкого. При соборе и был погребен старец. По прошествии времени деревянный храм стал ветшать и настоятель Крыпецкого монастыря игумен Феоктист в 1557 году выстраивает взамен ветхого деревянного новый величественный каменный из тесаной известковой плиты Иоанно-Богословский собор. Этому храму суждено было простоять многие столетия. По милости Божией он стоит и сегодня. В Иоанно-Богословском соборе проходили главные духовные молитвенные события Крыпецкого монастыря. Несомненно, такими важными, значимыми днями были и торжественно отмечались памяти святого апостола Иоанна Богослова. Данная традиция сохранялась вплоть до 1923 года, когда монастырь при советской власти был закрыт и отдан на поругание.
«Бог поругаем не бывает» .
Пришло время и в 1990 году новым наместником Крыпецкого монастыря возобновилась молитва в Иоанно-Богословском соборе. Игумен Дамаскин получил возможность полностью отдать все свои силы на возрождение монастыря. Постепенно из года в год стал реставрироваться древний собор.
Первое богослужение в отреставрированном Иоанно-Богословском соборе прошло 10 января 2003 года на память прославления преподобного Корнилия Крыпецкого служением Высокопреосвященнейшего Евсевия, Архиепископа Псковского и Великолукского, игумена Дамаскина, духовенства Псковской епархии и многочисленных паломников из России и сопредельных стран.
По благословению правящего архиерея трудами архимандрита Дамаскина со сподвижниками стало воссоздаваться внутреннее убранство храма. Был возведен деревянный резной пятиярусный иконостас. Резьба выполнялась резчиком из Могилева Александром Степановичем Куницким. Иконы написаны архитектором монастыря Александром Сергеевичем Кузнецовым. В 2019 году все иконы иконостаса были полностью написаны и установлены в иконостас.
Благоукрашение храма было продолжено при наместниках Савво-Крыпецкого монастыря: игумене Савве (Комарове) и иеромонахе Всеволоде (Сиканове).
Накануне престольного праздника 8 октября иеромонах Всеволод с братией отслужили всенощное бдение в Иоанно-Богословском соборе с литией. Во время полиелея пелось величание и читалось праздничное Евангелие. Братия и многочисленные паломники приложились к праздничным иконам апостола любви и святителя Тихона, Патриарха Московского и всея России, чей день памяти также празднуется 9 октября, и приняли от рук отца наместника помазание освященным елеем и благословенный на литии хлеб. Прослушать песнопения►
Ранним утром 9 октября в Успенском храме был отслужен в 8 часов водосвятный молебен.
Божественную Литургию в 10 часов утра возглавил наместник обители иеромонах Всеволод с братией обители в священном сане. Богослужение проходило в Иоанно-Богословском соборе.
По окончании Литургии состоялся праздничное славление святому апостолу Иоанну Богослову. По завершении молебна наместник прочел молитву святому апостолу, испрашивая его заступления и молитвенного предстательства перед престолом Божиим за всех молящихся. Затем были пропеты праздничные величания, после чего отец Всеволод обратился ко всем собравшимся со словом приветствия.